据香港特区政府网站消息，广深港高速铁路的总站分别设于香港的西九龙和广州的石壁，中途站包括深圳的福田、龙华及东莞的虎门。西九龙总站毗邻机场铁路九龙站与及九龙南线的九龙西站，使西九龙成为主要的铁路枢纽。
西九龙总站通过现有铁路与中环心脏地带紧密相连，再配合九龙站新的商业发展，势将成为重要的商业中心。总站部分会延伸至西九文化区地底下，方便进出文化区的人士。
香港运输及房屋局局长郑汝桦指出，把广深港高速铁路融入西九龙文化区，大大凸显西九龙总站作为内地门户和西九龙文化区作为区域文化枢纽的地位。她认为，这有助增加来港参与西九艺术、文化和旅游活动的旅客人次，从而促进文化旅游。
内地总站设于石壁，即新广州站，是全国4大客运中心之一。日后，乘客在石壁转乘京广客运专线及在龙华转乘杭褔深客运专线等高速长途列车。香港乘客以高铁前往上海只需8小时，前往北京只需10小时，比现时的20多小时减省超过一半时间。
广深港高速铁路预计于2020年，每天可接载10万名乘客，2030年可达12万人次。
郑汝桦表示，广深港高速铁路香港段的规划和设计可望今年完成，明年动工，2014或2015年完成，与杭福深和京广客运专线的竣工时间相若。
港铁行政总裁周松岗表示，欢迎行政会议的决定。他指出，预计由西九龙总站至石壁站的车程48分钟，西九龙总站至福田站只需10分钟，而石壁和龙华站，均接驳其它内地高速铁路。
周松岗说，根据海外如日本和欧洲营运高速铁路的经验，高速铁路有其竞争力，如节省车程和避免因交通挤塞导致延误。他表示，广深港高速铁路乘客到达西九龙总站后，也转乘港铁西铁和东涌线，以及机场快线往返香港各处。
运输及房屋局表示，在规划该铁路时，已充分考虑公开招标是否可行。如进行公开招标程序，筹备和完成招标工作约需时2至3年，大大延误工程，估计造成的经济损失约60亿元。该局表示，考虑到港铁具备建造和营运本地和内地铁路的专门知识和经验，是适当的选择。
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